超高溫瞬時滅菌方法一般有兩種，分別為直接蒸汽加熱法和間接加熱法。
間接加熱法以牛乳物料來說明，通常有以下7個步驟：
1、將原料乳在換熱器內與前階段的高溫滅菌乳換熱并預熱至66℃，同時高溫滅菌乳被新進乳冷卻；
2、經過均質機，在15~25MPa的壓力下進行均質；
3、進入換熱器的加熱段，被熱水系統加熱至137℃；
4、進入保溫管保溫4s；
5、進入無菌冷卻，由137℃降為76℃；
6、進入回收階段，與5℃左右的新進原料乳換熱冷卻至20℃；
7、進入無菌貯罐，進行無菌包裝。