微波食品殺菌機主要采用微波對食品進行輻射殺菌，微波殺菌主要靠微波的生物效應和熱效應。食品在微波的輻射下細胞膜斷面的電位分布受到影響，造成細胞膜周圍電子、離子濃度和細胞膜的通透性能改變，造成細胞營養(yǎng)不良，不能正常新陳代謝，細胞結(jié)構(gòu)功能紊亂，生長發(fā)育受到抑制而死亡。微波的熱效應是菌體由于吸收微波能升溫。使物料的水分子升溫揮發(fā)，從而使細菌體內(nèi)蛋白質(zhì)同時受到無極性熱運動和每秒鐘億次震蕩的作用，使其空間結(jié)構(gòu)變化或破壞，而使蛋白質(zhì)變性。蛋白質(zhì)變性后就失去生物活性。 傳統(tǒng)的食品殺菌設備和消毒方法有很多種，有通過溫度進行殺菌的巴氏殺菌和高溫殺菌，也有通過紅外、紫外或臭氧進行殺菌。微波殺菌屬于低溫殺菌，通過微波殺菌設備處理過的食品的保質(zhì)期可延長3～8倍，并且是低溫處理，不破壞食品原有的營養(yǎng)成份、色澤、口感和天然風味。