好氧發酵反應器系統是將物料置于封閉的容器內，通過控制通風和水分條件，使物料進行生物降解并減量化、穩定化、無害化和資源化。系統占地面積小，臭氣收集方便，運轉靈活，處理效率高，受天氣條件的影響小。好氧發酵設備為連續進出料系統，堆肥過程維持在供氧狀態。

　　好氧堆肥的過程，一般分為三個階段。

　　首先是中溫階段。中溫階段也稱產熱階段，是指堆肥過程的初期，堆層基本呈15～45℃的中溫，嗜溫性微生物較為活躍而且利用堆肥中可溶性有機物進行旺盛的生命活動。這些嗜溫性微生物主要以糖類和淀粉類為基質。

　　經過中溫堆肥階段后進入第二階段，也就是高溫階段。當堆溫升45℃以上時即進入高溫階段，在這一階段，嗜溫微生物受到抑制甚至死亡，取而代之的是嗜熱微生物。堆肥中殘留的和新形成的可溶性有機物質繼續被氧化分解，堆肥中復雜的有機物如半纖維素、纖維素和蛋白質也開始被強烈分解。

　　然后進入堆肥的第三個階段：降溫階段。在發酵后期，只剩下部分較難分解的有機物和新形成的腐殖質。此時微生物的活性下降，發熱量減少，溫度下降，嗜溫性微生物又占優勢，對殘余較難分解的有機物做進一步分解，腐殖質不斷增多且穩定化，堆肥進入腐熟階段，需氧量也大大減少，含水率降低，堆肥孔隙度增大，氧擴散能力增強，此時只需自然通風。

　　滾筒式發酵法。發酵滾筒為鋼結構，并設有驅動裝置，安裝成與地面傾斜～3°的角度，采用皮帶輸送機將畜禽糞便送入滾筒，滾筒定時旋轉，一方面使物料在翻動中補充氧氣，另一方面，因為滾筒是傾斜的，在滾筒轉動過程中，物料由進料端緩慢向出料端移動。當物料移出滾筒時，物料已經腐熟。

　　反應器滾筒的軸線呈水平或是與水平方向有一定的傾角，工作時滾筒在驅動裝置帶動下以設定速度繞軸線轉動物料在滾筒轉動和筒內抄動裝置作用下 被反復抄起升高跌落使物料的溫度水分均勻化同時獲得氧氣完成堆肥反應。除反應器系統還包括風機，通氣管路和尾氣處理裝置等。直徑一般為 ~4m 長度 4-40m 轉速為 6分一轉，筒體傾斜放置，沿旋轉方向提升的物料靠自身重力下落時逐漸向筒體出口一端移動，并從出口排出，系統可24小時連續操作，發酵時間為 4~7 天。