1. 微波能的熱效應：在一定強度微波場的作用下，食品中的蟲類和菌體會因分子極化現象，吸收微波能升溫，從而使其蛋白質變性，失去生物活性。微波的熱效應主要起快速升溫殺菌作用；2. 微波能的非熱效應：高頻的電場也使其膜電位、極性分子結構發生改變，使微生物體內蛋白質和生理活性物質發生變異，而喪失活力或死亡。在滅菌中起到了常規物理滅菌所沒有的特殊作用，也是造成細菌死亡原因之一。3. 微波殺菌、保鮮是微波熱效應和非熱效應共同作用的結果。因此，微波殺菌溫度低于常規方法，一般情況下，常規方法殺菌溫度要120℃-130℃，時間約1小時，而微波殺菌溫度僅要70℃-105℃，時間約90-180秒。

　　微波是頻率從300MHz~300GHz的電磁波。微波熱效應是微波與物料直接相互作用，將超高頻電磁波轉化為熱能的過程。微波殺菌是微波熱效應和生物效應共同作用的結果。微波對細菌膜斷面的電位分布影響細胞膜周圍電子和離子濃度，從而改變細胞膜的通透性能，細菌因此營養不良，不能正常新陳代謝，生長發育受阻礙死亡。

　　微波殺菌機用于粉狀、顆粒、片狀等食品、藥品、營養品、糧食制品、農副產品、牛肉、肉脯、方便面、速食品、米粉的干燥、殺菌，杏仁、花生、紅棗、桃仁、板栗的烘烤、膨化、殺菌、脫皮，醬菜、鹵味、各種肉制品小包裝的防霉、殺菌、保鮮，還用于科研院校的研究。