用于及氨基酸的合成脫水，是一種很好的低溫生化脫水劑，也用于酸、酐、醛、酮等的合成。在日本，用于的脫水劑，占總消費的90%。該品作為脫水縮合劑時，可在常溫下經短時間反應即成，反應后產物為二環己基脲。由于該產物在有機溶劑中溶解度很小，所以反應產物易于分離；同時，由于該品很難溶于水，因此即使是在水溶液中，反應仍然可以進行下去。該品還用于肽、核酸的合成，使用本品可以在室溫下很容易由具有游離羧基的化合物和具有游離氨基的化合物合成肽，并且收率很高。用于生產增血壓素、。
主要用于多肽人工合成中氨基酸的縮合。如Fmoc-固相合成中，氨基酸的羧基與另一個氨基酸的氨基形成酰胺鍵。為使羧基更易接受親核試劑進攻，帶負電荷的氧原子需先被活化成一個較好的離去基團，DCC發揮此作用。氨基酸上羧基的氧原子作為親核試劑進攻DCC分子中間的碳原子使DCC與羧基結合形成酯結構，使得氨基的親核進攻容易進行。
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