熱電偶溫度計雖然應用廣泛，但是它也有許多缺點的：

一、信號調理復雜：將熱點偶電壓轉化成可用的溫度讀數必需進行大量的信號調理。一直以來，信號調理耗費大量設計時間，處理不當就會引入誤差，導致精度降低。

二、精度低：除了由于金屬特性導致的熱點偶內部固有不精準性外，熱點偶測量精度只能達到參考結合點溫度的測量精度，一般在1℃至2℃內。

三、易受腐蝕：由于熱電偶由兩種不同的金屬所組成，在一些工況下，隨時間而腐蝕可能會降低精度。因此，它可能需要保護;且保養維護。

四、抗噪性差：當測量毫伏級信號變化時，雜散電場和磁場產生的噪聲可能會引起問題。絞合的熱電偶線對可能大幅度降低的磁場耦合。使用屏蔽電纜或在金屬導管內走線和防護可降低電場耦合。