當把毛細管柱安裝在氣相色譜儀上時，需要將其兩端分別于進樣口和檢測器相連接。不用廠家的一起所用的接頭有兩種，一種是內螺紋接頭，一種是外螺紋接頭。原理都是用一個石墨密封墊。通過接頭壓緊而達到固定和密封的目的。安裝毛細管柱時應注意三個問題：
*，先將固定螺母和密封墊套在柱頭上，此時應將柱頭朝下，避免密封墊碎屑進入柱管而造成堵塞。將石墨墊套在柱頭后，應將柱頭截去1——2cm，可用專門的柱切割器，也可用一個開安瓿瓶的瓷片，在柱管上輕輕劃一下，然后用手別斷。這樣可以保證柱端是整潔的，又避免了柱頭污染物對分析的干擾，因為截去了穿過密封墊時可能進入柱頭的污染物，或者運輸過程中可能損壞的柱端。
第二，柱端伸出密封墊的長度不同的儀器有不同的規定，應嚴格按儀器的說明忽視確定。總的原則是進樣口一段安裝好后，柱端應處于分流點以上，并位于襯管。檢測器一段則是柱出口盡量接近檢測點，以避免死體積造成的柱外效應。為了保證柱端伸出的長度準確，可在截去柱端后，先量好柱頭伸出長度，然后用記號筆或改字液在接頭下方的色譜柱上做一記號，擰緊接頭后保證該記號正好位于接頭端面。這樣就避免了擰緊過程中因柱管移動可能造成的伸出長度不準確。
第三，接頭不要擰的太緊，以免將色譜柱壓裂或壓碎。一般新的石墨墊用手擰緊后再用扳手擰1/4圈即可。如果是重復使用的石墨墊，則要多擰緊點，直到用手輕輕拉柱管拉不動為止。原則上每次安裝色譜柱都要用新的石墨墊，不過同一色譜柱拆下再安裝時，可重復使用石墨墊，但重復使用的次數不要超過3次，否則會失去密封性。
