通常情況下不建議清洗
氣相色譜儀色譜柱，除非嚴重污染，經老化效果不明顯情況下可以對鍵合交聯固定相的毛細管色譜柱進行。
清洗色譜柱可采用色譜柱沖洗裝置把溶劑注入色譜柱，該裝置接有一個有壓力的氣源上（氦氣或氮氣），并把色譜柱插到沖洗裝置中，把溶劑加入樣品瓶里，往溶劑瓶中施加壓力，把溶劑壓到毛細管色譜柱里，殘留物溶解到溶劑中，然后用溶劑把它反吹出色譜柱，再用容積吹掃色譜柱，并把色譜柱進行適當的老化處理。
在沖洗色譜柱之前，把它切去半米（即靠近進樣口一端），把連接檢測器的一端插入溶劑沖洗裝置，常使用多種溶劑沖洗色譜柱，后面繼續使用的溶劑必須要和前一種溶劑互溶，一定不要使用高沸點溶劑，特別是zui后使用的溶劑，溶解樣品的溶劑常常是的選擇。
決多數情況下建議使用甲醇、二氯甲烷和己烷。丙酮是二氯甲烷的代替品（在避免使用含氯溶劑時），但是二氯甲烷是一種的沖洗溶劑，如果注射的是水性樣品（如生物液體和組織），在使用甲醇以前要用水來沖洗，一些源于水性樣品的殘留物只能溶解在水中而不溶于有機溶劑。應當使用水和醇類（如甲醇、乙醇和異丙醇）沖洗鍵和聚乙二醇為基的固定相，只作為zui后使用的溶劑。
