高效氣相色譜儀氮磷檢測器的主要缺點是隨著使用時間增長，性能變差，*后響應極小，必須換新電離源。

為了達到要求的響應值，可提高NPD加熱電流，但使用一段時間后，響應值又逐漸降低，須再提高其加熱電流，如此多次提高加熱電流，以保持NPD的正常工作。響應值下降的一般規律是：使用初期下降速度快，后期下降速度慢。所以，為了避免換新電離源后基線漂移太大，通常在使用前要預老化。

通常電離源的使用壽命在1000h左右，陶瓷電離源壽命可達2000h以上。電離源使用相當長時間以后，如果加熱電流調至正常值，甚至更高，樣品仍無響應或電離源無灼熱狀，說明電離源已耗盡，需更換新電離源。

堿鹽損耗的原因尚未明確。電離源的活性成分通常是堿金屬硅酸鹽，雖然堿金屬可再循環，但氫氣燃燒產生的水蒸汽可將堿金屬硅酸鹽轉變成堿金屬氫氧化物和游離硅，該堿金屬氫氧化物在操作溫度下有較大的蒸汽壓，不斷地流失，*后所有的堿金屬揮發完，留下惰性的硅。堿金屬是通過與氫交換而損失，采用低氫流速操作，可有效地延長電離源的壽命。