近日學習用mega4.0建系統進化樹，大概會操作了，但仍然有很多疑問。壇子里關于mega的帖子看了遍，迷茫發問的朋友多，解答的大牛人也有，我的問題和很多求助網友相似，現系統提出，渴望知道的大俠盡早看到此貼，指點下迷津，不甚感激！

一，附件中的小樹是用mega4.0，Bootsrap Value設置1000次建成。具體步驟如下：
a、打開mega軟件—Alignment 下拉—Alignment exposure/clustal—create a new alignment --然后根據實際情況(DNA or 蛋白序列)選擇Yes
b、Edit—Insert sequence from file（.fastal的格式）；
c、Algin by clustal W---Data—Export Alignment—Mega fomat；
d、打開上一步保存的文件—Distance—compute pairwise—compute；
e、Phylogeny—Bootstrap Test of phylogeny—Neighbor-Joining—將Boostrap（500 replicates；seed=64238修改為1000 replicates）--compute---獲得進化樹—設好格式---image –save as TIF file

問題來了，在壇子里看見各位大俠給出的步驟，要用Clustal X軟件進行序列比對之后才能建樹，請問，mega4.0中是不是嵌合了clustal么，為什么有大俠說還要下載一個clustal軟件呢？上面的建樹步驟C是不是算經過了clustal呢？

二，附件中小樹節點處數值的含義，請各位解釋下為什么HX4和AB546196.1（bootstrap值100）與HX6和AJ308316.1（bootstrap值77）兩類群聚一起后又97呢?是否意味著HX4和AB546196.1親緣關系很近，甚至是同一個東西，HX6和AJ308316.1關系較近，這兩類群又聚一起，而且bootstrap值97，大于77，很費解呀很費解。

三，樹下的標尺有什么用？去算枝長嗎？枝長又代表什么，進化距離嗎？如果枝長是進化距離，那bootstrap值又代表什么？
四，在壇子里逛的時候，看到有大俠說“遺傳標度法和步長值法是用來表示兩種不同的結果時用的 步長值常用在鑒定菌種的進化樹中 而遺傳距離法常用在表示不同菌株間進化關系的進化樹中 ”。什么是遺傳標度法，什么是步長值法？本人建樹目的是想得到菌株間的進化關系

五，看文獻過程中，發現有部分文獻的進化樹要么只有標尺，要么只有bootstrap值，而且也沒有對數值，標尺的含義做出解釋，究竟什么樣的樹才算規范？
昨晚碼了一個求助貼，滿懷希望發的時候，系統維護，傷啊傷！今天抖擻一下，再次情緒飽滿的發一個，敬候各位的佳音哈！