無菌加工的飲料包裝技術主要應用于可連續輸送的流體食品，無菌過程是非常復雜的連續式生產過程，在這過程中任何一項失誤或產品的微生物再污染，都會影響整個無菌系統的失敗，同時影響整批產品的衛生安全。目前，潔凈概念在無菌灌裝機安全生產方面有著非常重要的應用。包裝系統內必須建立并產生一個無菌潔凈環境，使已殺菌產品能在此區域內灌裝到無菌的包裝容器中，然后密封。

無菌灌裝系統建立后必須能有效的保障，由正壓的層流無菌空氣維持灌裝機的無菌狀態。目前灌裝機能使無菌系統連續生產20h。要有必要的安全措施，防止潔凈度的破壞。食品衛生操作規范，HACCP的控制手段是潔凈概念有效執行的基礎。特別生產現場的衛生及潔凈狀態會影響無菌環境，影響產品的安全性。