任何合格和高質量的有機肥料的生產都必須經過堆肥和發酵過程。 堆肥過程是在一定條件下通過微生物的作用不斷降解和穩定有機物的過程，生產適合土地使用的產品。堆肥是一種古老而簡單的處理有機廢物和制造肥料的方法。隨著研究的深入和方法的改進，其應用具有良好的生態意義，對農業生產也具有重要的意義，受到各國的高度評價。 

有許多報道表明，使用分解堆肥制備苗床可以抑制土壤傳播的疾病。以及高溫后產生的拮抗細菌堆肥過程中的階段可以使細菌數量達到較高水平；堆肥過程中的有機物在微生物的作用下難以分解，穩定并易于被農作物吸收。同時，微生物在的作用下將重金屬的毒性降低到一定范圍內。  可以看出，堆肥是一種簡單有效的方法，可以使生物有機肥料，這有利于生態農業的發展。    

我國大多數國內有機肥料產品只能堆肥15-20天，并且此類產品只能達到無害標準。 高質量的有機肥料堆肥發酵過程通常需要45-60天。 這是因為在堆肥前的升溫階段和高溫階段，諸如植物病原菌，卵，雜草種子等有害微生物將被殺死。然而，微生物在該過程中的主要作用是新陳代謝和繁殖，并且僅產生少量。 代謝物，這些代謝物是不穩定的，不易被植物吸收。    

#在冷卻的后期，微生物會腐殖化有機物并產生大量有利于植物生長和吸收的代謝產物。此過程需要45-60天。 堆肥通過這個過程可以達到三個目的，一是無害。另一個是腐化作用；第三是大量的微生物代謝產物，例如各種抗生素和蛋白質物質。