電子顯微鏡是以電子束為照明源，通過(guò)電子流對(duì)樣品的透射或反射及電磁透鏡的多級(jí)放大后在熒光屏上成像的大型儀器，而光學(xué)顯微鏡則是利用可見(jiàn)光照明，將微小物體形成放大影像的光學(xué)儀器。
       概括起來(lái)，電子顯微鏡與光學(xué)顯微鏡主要有以下幾個(gè)方面的區(qū)別：
        1、照明源不同。電鏡所用的照明源是電子槍發(fā)出的電子流，而光鏡的照明源是可見(jiàn)光(日光或燈光)，由于電子流的波長(zhǎng)遠(yuǎn)短于光波波長(zhǎng)，故電鏡的放大及分辨率顯著地高于光鏡。
        2、透鏡不同。電鏡中起放大作用的物鏡是電磁透鏡(能在部位產(chǎn)生磁場(chǎng)的環(huán)形電磁線圈)，而光鏡的物鏡則是玻璃磨制而成的光學(xué)透鏡。電鏡中的電磁透鏡共有三組，分別與光鏡中聚光鏡、物鏡和目鏡的功能相當(dāng)。
        3、成像原理不同。在電鏡中，作用于被檢樣品的電子束經(jīng)電磁透鏡放大后打到熒光屏上成像或作用于感光膠片成像。其電子濃淡的差別產(chǎn)生的機(jī)理是，電子束作用于被檢樣品時(shí)，入射電子與物質(zhì)的原子發(fā)生碰撞產(chǎn)生散射，由于樣品不同部位對(duì)電子有不同散射度，故樣品電子像以濃淡呈現(xiàn)。而光鏡中樣品的物像以亮度差呈現(xiàn)，它是由被檢樣品的不同結(jié)構(gòu)吸收光線多少的不同所造成的。
        4、所用標(biāo)本制備方式不同，電鏡觀察所用組織細(xì)胞標(biāo)本的制備程序較復(fù)雜，技術(shù)難度和費(fèi)用都較高，在取材、固定、脫水和包埋等環(huán)節(jié)上需要特殊的試劑和操作，最后還需將包埋好的組織塊放人超薄切片機(jī)切成50～100nm厚的超薄標(biāo)本片。而光鏡觀察的標(biāo)本則一般置于載玻片上，如普通組織切片標(biāo)本、細(xì)胞涂片標(biāo)本、組織壓片標(biāo)本和細(xì)胞滴片標(biāo)本.