平時對顯微鏡的各光學部分的表面，用干凈的毛筆清掃或用擦鏡紙擦拭干凈即行。在鏡片上有抹不掉的污物、油漬或手指印時，鏡片生霉、生霧以及長期停用后復用時，都需要行擦拭再使用。
1、擦拭范圍目鏡和聚光鏡允許拆開擦拭。物鏡因結構復雜，裝配時又要專門的儀器來校正才能恢復原有的精度，故嚴禁拆開擦拭。

拆卸目鏡和聚光鏡時，要注意以下幾點：
a、小心謹慎。
b、拆卸時，要標記各元件的相對位置（可在外殼上劃線作標記）、相對順序和鏡片的正反面，以防重裝時弄錯。
c、操作環(huán)境應保持清潔、干燥。拆卸目鏡時，只要從兩端旋出上下兩塊透鏡即可。目鏡內(nèi)的視場光欄不能移動。否則，會使視場界線模糊。聚光鏡旋開后嚴禁進一步分解其上透鏡。因其上透鏡是油浸的，出廠時經(jīng)過良好的密封，再分解會破壞它的密封性能而損壞。

2、擦拭方法先用干凈的毛筆或吹風球除去鏡片表面的灰塵。然后用干凈的絨布從鏡片中心開始向邊緣作螺旋形單向運動。擦完一次把絨布換一個地方再擦，直至擦凈為止。如果鏡片上有油漬、污物或指印等擦不掉時，可用柳枝條裹上脫脂棉，蘸少量酒精和混合液（酒精80％，20％）擦拭。如果有較重的霉點或霉斑無法除去時，可用棉簽蘸水潤濕后粘上碳酸鈣粉（含量為99％以上）進行擦拭。擦拭后，應將粉末清除干凈。鏡片是否擦凈，可用鏡片上的反射光線進行觀察檢查。要注意的是，擦拭前一定要將灰塵除凈。否則，灰塵中的砂粒會將鏡面劃起溝紋。不準用毛巾、手帕、衣服等去擦拭鏡片。酒精混合液不可用的太多，以免液體進入鏡片的粘接部使鏡片脫膠。鏡片表面有一層紫藍色的透光膜，不要誤作污物將其擦去。