冷凍干燥機這類設備現多用在中藥飲片，原料藥，天然的蔬菜，脫水蔬菜，生物，食品類，蔬果，化學工業，藥物中間體等物料的干燥，其具體的應用步驟有以下幾點。
1、在應用時，首先要對儀器的各零部件進行的清潔，以便于維持設備的良好狀態，及其衛生條件。
2、在正式開始應用前，必須要行預凍，以便于達到良好的脫水效果；還需要檢查真空泵及其原位型冷凍干燥機玻璃罩的氣密性，及其儀器主機與真空泵相互間由綠色的真空管相接處的密封性（能夠 涂擦適當真空脂）。
3、具體的預凍操作，需要準備低溫冰箱，將溫度設定到零下40攝氏度，或者是零下80攝氏度后，把準備干燥的物品放置于低溫冰箱或液氮中，通常需要四個小時左右，能夠 直接從外邊進行觀察到，物品冰凍結實后，才可進行冷凍干燥的實驗，把物品快速挪動到儀器的托盤以內，以確保冷凍干燥效果。
4、在進行冷凍干燥機清潔操作的時侯，注意不一樣零部件要應用不一樣的清潔液進行清潔，通常有機玻璃應用生理鹽水進行清潔，不銹鋼零部件應用乙醇進行清潔，安瓿瓶需要用超聲波清洗機進行清潔。
