衛生院醫療機構污水特點還體現在綜合污水BOD5/CODcr高，可生化性較強，溶解性CODcr占有很大比例，適合于生物法進行處理。污水的原水水質不同于生活污水，其成分更非常復雜，含有多種藥物比如：消毒劑，來自化驗、檢驗、手術各科室的重金屬、有機試劑等；還含有多種病菌寄生蟲卵等有害細菌。它們在環境中具有一定的適應力，有的甚至在污水中存活時間較長，若未經處理即排入水體或用于灌溉，將會嚴重污染環境，影響人民身體健康。所有衛生院廢水必須經過嚴格的處理后才能排出。
衛生院污水廢水處理工藝流程：
廢水主要污染物是各種病菌和少量有機物。化糞池出來的廢水經過格柵處理大的懸浮固體后流入調節池，在調節池內調節水量和水質，調節池設有液位，污水提升系統；設備同時還進行厭氧水解，將部分大分子有機物降解微小分子有機酸；經水解后的水流進生物接觸氧化池進行生物處理，經生物處理后出水進入沉淀池，沉淀池的水進入接觸消毒池，同時消毒劑與水泵聯動進行同步投加，*后出水達標排放。采用“調節池—生化處理—沉淀池--二氧化氯消毒”作為主體處理工藝。該方法具有耐沖擊負荷能力強，處理效果穩定可靠、管理簡單、污泥產量少等特點。
此工藝效果好，出水達到醫療機構污水排放標準，全自動控制，操作簡單方便。