自動進樣器在生化分析儀器，色譜分析儀器中有著廣泛應用，它的運行可靠性和精確性直接影響著分析結果。液相色譜系統大多使用自動進樣器引入樣品，正確使用自動進樣器是保證液相色譜系統分離精確度的基本條件，用自動進樣器注入適當體積的標準樣品可為峰高和峰面積的測量提供小于1%的標準偏差。
對于液相色譜而言，無論是手動進樣器或是自動進樣器都是用六通閥進樣的，只是自動進樣的較手動進樣器的死體積較大，多了計量泵和一部分聯接管線。自動進樣器可以減少體力勞動，增加樣品處理量，提高日常工作精度。
自動進樣器作為流動注射分析儀重要的組成部分之一，其價格一般占整套儀器的1/4左右，也是日常工作中比較容易出問題的部件之一，正確的日常維護顯得尤為重要。
1、自動進樣器主要有A、B、C三個微電機，A控制水平縱向，B控制水平橫向，C控制垂直方向。A、B電機均有一條水平傳動軸，其起止動作由一個簡單的光電控制裝置控制，要注意保護好那個黑色絕緣膠片；C電機的控制原理類似于自行車的車閘裝置，要注意不能在傳動線附件放置任何東西，以免妨礙傳動線的動作甚至損壞傳動線。
2、由于A、B電機的傳動軸是水平的，容易積累磨損的顆粒和塵灰，從而導致進樣不到位的問題。可通過分別向后、向左翻轉90度，滴加數滴酒精、上下輕輕拉動微電機的辦法，清洗A、B電機傳動軸上積累的微小顆粒。滴加時，注意酒精不能掉進自動進樣器的集成線路板上，否則有可能導致線路短線。特別要提醒的是，不能使用潤滑油、凡士林之類的潤滑用品，否則微小顆粒不單清洗不干凈，反而可能會越積越多，嚴重時可使傳動軸和微電機報毀。
3、C電機的傳動線長時間使用后可能會變長，這時可以作適用調整。調整的標準是，使進樣針的下部稍稍突出定位環。如果進樣針固定得太高，一是進樣時容易因為針的晃動而使針頂在定位環上，二是進樣時有可能因為插得不夠深造成吸空(尤其是一杯樣品需要多次進樣時)；如果進樣針固定得太低，進樣時容易因為插得太深頂在樣品杯底部造成進樣不暢。
