1、毛細管柱內徑的選擇 

  理論上，柱效率與半徑平方成反比，半徑越小分離效果越好，可是半徑越小，色譜柱的使用困難越多，如要求儀器的靈敏度高、時間常數小、死體積小以及柱前壓大等。而柱內徑大則處理量大，但柱內徑過大，將導致柱內徑不能均勻的分布在色譜柱中。通常使用的毛細管柱內徑可分為：0.53 mm、0.32mm、0.25mm和0.20mm 

  0.53mm ：具有近似填充柱的負荷量，總柱效則遠遠超過填充柱。當達到同樣的分離度時，0.53mm大口徑柱的分析時間明顯快于填充柱，可方便的采用柱上進樣或直接進樣技術，適合于分析不太復雜的樣品，是填充柱理想的替代柱。 

  0.32mm： 柱效稍低于0.25mm常規柱，負荷量大于常規柱的60%，用特制注射針可做柱上進樣。 

  0.25mm ：常用的內徑規格。有較高的柱效，負荷量較低，必須分流進樣或無分流進樣。用于復雜多組份樣品分析。

  0.20mm 柱效高,負荷量低，流失較小，適合與質譜等靈敏檢測器聯用。 

2、毛細管柱長度的選擇

  理論上，柱長越長，總柱效越高，可改善分離能力，短則組分餾出的快些。只有當分析樣品十分復雜時，才需要選擇長柱，柱越長，分析時間也越長，一般分離度增加一倍，柱長必須增長4倍。

  5—12m 短柱：分離少于10個組份（不包含難分離物質對）的簡單樣品。

  25—30m 中長柱：分離10—50個組份的樣品。 

  50m 長柱：分離大于50個組份或包含有難分離物質對的復雜樣品。

3、液膜厚度的選擇 

  選擇適當的液膜厚度就像選擇適當長度一樣重要，恰當的膜厚可以使組分得到更好的分離。

  0. 1—0. 2μm 薄液膜

低負荷量，高溫下流失較小，適合于高沸點化合物的分析，適于配高靈敏檢測器。 

  0.25—0.33μm 標準液厚    

一般商品柱的標準液膜。 

  0.5—5.0μm 厚液膜 

較高的樣品負荷量，在高溫下流失較大，適于分析低沸點樣品。