全自動自清洗過濾器由殼體、多元濾芯、反沖洗機構、電控箱、減速機、電動閥門和差壓控制器等部分組成。殼體內的橫隔板將其內腔分為上、下兩腔，上腔內配有多個過濾芯，這樣充分利用了過濾空間，顯著縮小了過濾器體積，下腔內安裝有反沖洗吸盤。

工作時，濁液經入口進入過濾器下腔，又經隔板孔進入濾芯的內腔，大于過濾芯縫隙的雜質被截留，凈液穿過縫隙到達上腔，從出口送出。含雜質的水由入口進入自清洗過濾器，先流經粗濾網進行粗過濾，然后進入細濾網內腔進行細過濾，過濾后的凈水由出口流出。

過濾出來的雜質吸附在細濾網上，并因此形成了濾網內外表面的壓差。當壓差達到設定值時，壓力傳感器傳送信號給控制器，控制器打開排污閥從排污口排出，結果使得水力馬達腔和雜質收集器和室的壓力下降，從而產生了類似于真空清洗原理的負壓抽吸，濾網表面的雜質隨著反沖洗水通過集污器和水力馬達排到污水腔，經過排污孔排出。

自清洗過濾器排水使水力馬達和雜物收集器旋轉，以使整個濾網得以沖洗。大尺寸的過濾器還帶有驅動缸以控制雜質收集器的縱向移動，并防止其移動過快，使整個濾網能被噴嘴沖洗。整個反沖洗過程自動控制，只需數秒，在自清洗過程中不會造成主水流的中斷。