超聲波細胞粉碎機必須設置關鍵的儀器工作參數，主要是時間參數、超聲波功率參數以及容器的選擇。超聲波破碎機喇叭（超聲波探頭）進水深度：約1.5cm，液位應大于30mm，探頭應在中間，不粘墻。超聲波是一種垂直縱波，插入太深時很難形成對流，影響破碎效率。

　　超聲波細胞粉碎機跟蹤顯示器輸出實際有效功率。有九種程序存儲功能，方便用戶編程和調用。“工作/間歇"比例時間循環脈沖式可調，時間范圍為0.5秒至1小時，提高破碎效果，有效防止溫升。帶保護微探針的問題菜單，可有效防止機器因誤操作而損壞。

　　隨著生物工業的發展，對超聲波細胞粉碎機的實驗要求也不斷提高。如樣品溫度的測量與控制、低溫冷卻樣品及整機智能化程度的提高等。