瑪卡在烘烤過程中，要掌握溫度由低溫→高溫→降溫三個過程。

階段果實剛入爐時，由于含水量還較高，首先用文火逐步升溫，維持12-15小時，使水分逐步蒸發，濕度調節在35-45度，濕度設定30度自動排濕，持續1天左右，使大部分水分排出。

第二階段的溫度逐步提高設定在55-60，使水分蒸發，濕度調節在38自動排濕，讓水蒸氣排出，這樣持續12個小時，使大部分水分排出。

第三階段降溫到45-55℃之間，濕度調節在35度，繼續烘烤直至烘干，使果實的重下降到相當鮮果的25～30%即成干果。

在烘烤過程中，烘箱的上、中、下和四周與中心，每個果的上面和下面的溫度不同，為了使受熱均勻，除天開始上烤外，每天都應將上、中、下層烘箱進行調換層次，把邊緣的和中心的果翻動壓置，以達受熱一致。 由于瑪卡品質不同，成熟度及大小的差異，個別在次烘干作業中不能烘干的瑪卡應選出來，進行再烘干。