在發酵工業中為達到既高產又豐收的目的，必須具備高水平的發酵產物后處理技術和設備。尋求經濟適用的分離純化技術，已成為發酵工程領域的熱點。

分離純化技術的研發有兩個方向：一是結合其他學科的發展開發新的分離純化技術；二是對現有的分離純化技術進行重新硏發，從其他角度對現有的分離純化技術進行利用。

目前國外在發酵工程后提取工藝上已大規模應用的新型分離純化技術，如雙水相萃取、新型電泳分離、大規模制備色譜、膜分離（微濾、超濾等）連續結晶技術等。這些新型技術的開發與應用，減少了后提取工藝的操作費用，提高了后提取工藝的產品收率，大大降低了生產成本。

如何將這些新型分離純化技術有效地應用于發酵工業生產過程，如何提高現有產品的收率、降低產品的生產成本是今后硏究的重要課題。

另外，將發酵過程與產物的分離相偶聯，解除發酵產物對菌體生長和代謝的抑制，既能提高發酵水平，又有利于產物的分離總之，現在菌種的選育不僅能利用現代化科技進行高效的常規選育，而且已經應用基因工程等生物技術將外來基因引入微生物細胞內，使微生物細胞按照人類的需要合成某些產品；發酵條件控制也在積極探索，按照微生物生理和代謝特性及產物的合成途徑進行調控；在工程方面，不僅設計了多種類型的發酵設備，以滿足各類微生物和各種產品的生產，同時隨著電子計算機的應用，各種敏感的測試元件的出現，發酵工程工業已經廣泛應用微機控制進行發酵生產；對發酵數學模型的硏究，也將進步促使發酵工程工業朝著模擬化、自動化、化方向發展。

因此，發酵工程工業已經發展成為規模龐大的現代化工業，現在的發酵工程工業與過去相比，具有范圍更廣、技術更復雜、要求更高等特點。