微波殺菌設備利用脈沖調制的微波能進行殺菌試驗，可以用較小的溫升達到殺菌的目的。這說明微波殺菌不只是熱力殺菌，還有非熱力致死細菌的能力，這就是所謂的非熱效應。根據這個原理，可以在極短的時間內采用高于常規微波場能量密度的數倍或數十倍的脈沖微波能量，不但可以可靠殺死細菌，還可大大降低藥品溫升，降低設備的能耗。

微波殺菌設備主要特點是：

1、殺菌速度快，物料內外同時殺菌。

2、殺菌不需防腐，長期存放不霉變，營養不流失并保持原有的色、香、味。

3、比其它設備殺菌節約時間50%，比其它電設備節省電40%。

4、微波設備體積小占地面積少，維修操作方便是當前理想的殺菌設備。